Skolens højeste myndighed er den årlige generalforsamling, der hvert år afholdes i slutningen af april. Her vælger skolekredsen bestyrelsen. Skals Efterskoles bestyrelse ser efter sidste generalforsamling (april 2010) således ud:
Formand:
Niels Svith, Bjerring
Næsformand:
Jytte Brokholm, Hinnerup
Øvrige medlemmer:
Anna Kolind, Horne (nyvalg 2010)
Anne Marie Søndergaard, Viborg (nyvag 2010)
Birger Gudmandsen, Skive
Elo Nielsen, Skals
Rene Madsen, Låstrup
Anne Mette Hougaard, Århus, suppleant
Jens Busch, Kibæk, suppleant
Suppleanterne deltager på lige fod med bestyrelsesmedlemmerne i møderne.
