Skolens højeste myndighed er den årlige generalforsamling, der hvert år afholdes i slutningen af april. Her vælger skolekredsen bestyrelsen. Skals Efterskoles bestyrelse ser efter sidste generalforsamling (april 2009) således ud:
Formand:
Niels Svith, Bjerring
Øvrige medlemmer:
Birger Gudmandsen, Skive
Birthe Bak Pedersen, Møldrup
Jytte Brokholm, Hinnerup
Rene Madsen, Låstrup (nyvalgt 2009)
Anne Mette Hougaard, Århus
Elo Madsen, Skals
Anna Kolind, Horne, suppleant (nyvalgt 2009)
Anne Marie Søndergaard, Viborg, suppleant (genvalgt 2009)
Suppleanterne deltager på lige fod med bestyrelsesmedlemmerne i møderne.
