Skolens højeste myndighed er den årlige generalforsamling, der hvert år afholdes i slutningen af april. Her vælger skolekredsen bestyrelsen. Skals Efterskoles bestyrelse ser efter sidste generalforsamling (april 2010) således ud:Formand:
Niels Svith, Bjerring
Næstformand:
Jens Busch, Kibæk
Øvrige medlemmer:
Anna Kolind, Horne
Anna Marie Søndergaard, Viborg
Birger Gudmandsen, Skive
Elo Nielsen, Skals
Rene Madsen, Låstrup
Anne Mette Hougaard, Århus, suppleant
Suppleanterne deltager på lige fod med bestyrelsesmedlemmerne i møderne.
